FKG UNEJ menetapkan tahapan pencapaian yang berupa sasaran strategis sebagai berikut :

Tahun 2016-2020

1. Tahap pertama meliputi kinerja pada tahun 2016-2017 dengan fokus pada tahap penguatan tata kelola, penguatan Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SNPT), penguatan bidang kelompok riset/KeRis (research group) yang mendukung visi, misi serta penguatan penjaminan mutu. Pada tahap ini, pemenuhan pelaksanaan pendidikan yang sesuai dengan SNPT telah berjalan disertai standar pengelolaan manajemen yang telah berbasis Sistem Informasi Manajemen yang terintegrasi pada kegiatan Tridharma Perguruan Tinggi serta fasilitas layanan administrasi. Kegiatan penelitian dan pengabdian dengan keterlibatan pihak stakeholder sudah berjalan dan bersinergi dengan meningkatnya publikasi dosen dalam jurnal nasional dan internasional.
2.  Tahap kedua meliputi kinerja pada tahun 2018-2019 dengan fokus penguatan Standar Nasional Pendidikan Kedokteran (SNPK) serta proses integrasi antara pembelajaran, kelompok riset dan pengabdian kepada masyarakat untuk memperkuat capaian visi. Hasil luaran proses pendidikan sudah dapat bersaing di level nasional serta produk penelitian semakin berkembang seiring dengan kegiatan pengabdian kepada masyarakat untuk memberikan kontribusi riil pada masyarakat. Kegiatan manajemen berbasis mutu terus meningkat memenuhi standar yang telah ditetapkan ataupun berbasis ISO.
3. Tahap ketiga meliputi kinerja pada tahun 2019-2020, merupakan tahap optimalisasi kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian yang merupakan hasil kolaborasi dengan peningkatan capaian yang berorientasi pada HKI. Luaran karya pendidikan dalam bentuk buku ajar ataupun referensi diterbitkan oleh para dosen FKG UNEJ dengan mitranya di nasional maupun ineternasional. Kerja sama kelembagaan telah mengembangkan diri untuk kegiatan penelitian.

Tahun 2021-2025

1. Tahap pertama meliputi kinerja pada tahun 2021-2022 merupakan tahap optimalisasi kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian yang merupakan hasil kolaborasi dengan peningkatan capaian yang berorientasi pada HKI. Luaran karya pendidikan dalam bentuk buku ajar ataupun referensi diterbitkan oleh para dosen FKG UNEJ dengan mitranya di nasional maupun ineternasional. Kerja sama kelembagaan telah mengembangkan diri untuk kegiatan penelitian.
2. Tahap kedua meliputi kinerja pada tahun 2023-2024 dengan fokus Program kegiatan yang memprioritaskan pengabdian dan penelitian unggulan dan unik sebagai branding dan kontribusi institusi di level internasional; memperkuat jejaring kerjasama Academics, Business, Community and Government (ABCG) dalam mewujudkan IPTEKS yang membumi serta memberdayakan jejaring kerja sama keahlian/ kepakaran dan international dalam membangun collaborative research dan community engagement; dan mendorong dan memfasilitasi hasil penelitian dan pengabdian yang berpotensi output HKI, publikasi (nasional dan internasional) dan buku ajar.
3. Tahap ketiga meliputi kinerja pada tahun 2025, merupakan tahap optimalisasi kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian yang merupakan hasil kolaborasi dengan peningkatan capaian yang berorientasi pada HKI yang didukung meningkatnya kerjasama internasional melalui penguatan kapasitas dan kapabilitas layanan bagi overseas stakeholders; perluasan akses mahasiswa asing kawasan Asia Tenggara, Asia dan Eropa rasionya secara bertahap; penguatan dan perluasan kerjasama antar universitas di kawasan Asia Tenggara dan Asia dalam penyelenggaraan tridarma; serta penguatan kerja sama luar negeri berbasis konsorsium.